A Bio Engenharia possui Licença de Funcionamento da Secretaria Municipal do Meio Ambiente de São Leopoldo – SEMMAM e trabalha dentro dos parâmetros ambientais exigidos pela legislação vigente. 

Possui uma Central de Resíduos, onde os mesmos são armazenados e  separados por tipo até a sua destinação final. Tem, ainda,  implementado um Programa de Gestão de Resíduos, onde é definido  o destino e o tratamento adequado para cada  resíduo gerado. Para a destinação de uniformes descartáveis não contaminados, óleo de máquinas e cavacos de produção, a empresa trabalha com empresas autorizadas pela FEPAM-RS para transporte, descarte e tratamento destes resíduos. O coprocessamento tem sido o destino principal dos resíduos não recicláveis.

Para economia de papel, tem desenvolvido novas sistemáticas de armazenamento de informações e registros, visando gerar cada vez mais uma redução no número de impressões.

Seus efluentes descartados da produção são ensaiados em laboratórios autorizados para comprovar a sua conformidade com a legislação. 

Pensando, ainda no meio ambiente e em um melhor ambiente de lazer para os funcionários, a empresa mantem um espaço para refeições e um ambiente externo agraciado por um jardim ornamental.

E, dando mais um passo em direção a preservação do meio ambiente, a Bio Engenharia fez um investimento e trocou sua fonte de geração de energia para  energia solar, que  é considerada uma fonte de energia alternativa, renovável, limpa e sustentável. A energia solar fotovoltaica é a energia elétrica produzida a partir do calor e da luz solar. Quanto maior a radiação solar nas placas solares, maior será a quantidade de energia elétrica produzida. Também, possui 5 reservatórios para armazenamento e reuso de água das chuvas.